W Muzeum Etnograficznym w Toruniu, jak w każdej instytucji, powstaje dokumentacja, która – po zakończeniu sprawy – gromadzona jest w archiwum i podlega powszechnie obowiązującym zasadom archiwistyki.
Muzealne archiwum gromadzi, przechowuje, porządkuje i ewidencjonuje dokumentację aktową, ikonograficzną i audiowizualną. Udostępnia także zgromadzony zasób wykonując kwerendy. W praktyce łączy funkcje archiwum naukowego, którego zasób dokumentuje działalność Muzeum Etnograficznego jako instytucji prowadzącej badania z zadaniami archiwum zakładowego gromadzącego akta muzeum jako zakładu pracy.
Na zasób naukowy archiwum składają się np. materiały z badań terenowych (wywiady, fotografie), dokumentacja pozyskiwania obiektów muzealnych, scenariusze wystaw, dokumentacja budowy skansenów, teksty referatów wygłoszonych na konferencjach, dokumentacja konserwatorska obiektów, teki wydawnicze publikacji naukowych i katalogów wystaw, plakaty, korespondencja merytoryczna, sprawozdania z działalności Muzeum. Tu przechowywana jest spuścizna prof. Marii Znamierowskiej-Prüfferowej, absolwentki Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie – założycielki, pierwszej dyrektorki i patronki muzeum. Archiwum zakładowe to akta typowe dla muzeum jako zakładu pracy.
Rodzaje zgromadzonej dokumentacji to akta papierowe (teczki), negatywy i i pozytywy zdjęć, filmy na taśmach celuloidowych, rysunki, dokumentacja techniczna (kalki) oraz pliki cyfrowe.
Archiwum w procesie zarządzania swoim zasobem posługuje się pomocami ewidencyjnymi – spisami zdawczo-odbiorczymi akt, inwentarzami negatywów, katalogami zdjęć oraz cyfrowymi bazami danych.
